Într-un comunicat oficial al Patriarhiei Române se arată că reactivarea celor trei eparhii de către Mitropolia Basarabiei, forţate de către puterea sovietică să-şi întrerupă activitatea în 1944, a fost consecinţa firească a faptului că prin hotărârea definitivă a Curţii Supreme de Justiţie a Republicii Moldova, din 2004, Mitropolia Autonomă a Basarabiei a fost recunoscută drept succesoarea spirituală, canonică, istorică a Mitropoliei Basarabiei care a funcţionat până în anul 1944, inclusiv.
Ca atare, în mod legitim, Mitropolia Basarabiei a înscris în propriul Statut de organizare şi funcţionare cele patru eparhii componente: Arhiepiscopia Chişinăului, Episcopia de Bălţi, Episcopia Basarabiei de Sud şi Episcopia Ortodoxă a Dubăsarilor şi a toată Transnistria; apoi toate acestea au fost înregistrate oficial de către Guvernul Republicii Moldova, având personalitate juridică de câţiva ani.
Reactivarea juridică a acestor eparhii pe teritoriul canonic al Mitropoliei Autonome a Basarabiei a fost cauzată, în primul rând, de înfiinţarea de către Mitropolia Moldovei, dependentă canonic de Patriarhia Moscovei, a eparhiilor (Eparhia de Tiraspol şi Dubăsari, Eparhia de Cahul şi Comrat, Eparhia de Edineţ şi Briceni, Eparhia de Ungheni şi Nisporeni, Eparhia de Bălţi şi Făleşti), pentru a împiedica dezvoltarea Mitropoliei Basarabiei.
Ca atare, recunoaşterea juridică şi reactivarea celor patru eparhii desfiinţate abuziv de către regimul sovietic comunist, reprezintă un act de dreptate şi o lucrare legitimă a Mitropoliei Autonome a Basarabiei, care nu putea fi ignorată sau trecută sub tăcere, atâta vreme cât această Mitropolie luptă pentru demnitate şi pentru păstrarea propriei identităţi. De aceea, Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române a luat act, cu binecuvântare, de reactivarea eparhiilor sufragane ale Mitropoliei Autonome a Basarabiei, care este prigonită şi îngrădită în libertatea ei religioasă şi, în activitatea ei pastorală, chiar considerată ca fiind străină şi nedorită în propria ei ţară.
Patriarhia Română consideră că relaţiile între Bisericile Ortodoxe surori nu trebuie să fie animate nici de agresivitate expansionistă, nici de servilism umilitor, specifice sistemelor totalitare, deoarece nu poate fi pace trainică fără dreptate, nici iubire frăţească fără respect reciproc.
Dată fiind complexitatea noii configuraţii bisericeşti din Republica Moldova, ca urmare a unor moşteniri istorice adverse, Patriarhia Română militează pentru coexistenţa paşnică şi cooperare frăţească între cele două Mitropolii, armonizând, cu înţelepciune şi realism, principiul teritorial cu principiul pastoral etnic, după cum s-a convenit în pastoraţia ortodocşilor din diaspora.
Totuşi, pentru Patriarhia Română, organizarea bisericească efectivă a celor trei eparhii reactivate nu constituie o prioritate în prezent.
Ţinând cont de această situaţie specială, Patriarhia Română militează pentru coexistenţa paşnică şi cooperarea frăţească între cele două Mitropolii Ortodoxe dependente canonic de două Patriarhii Ortodoxe surori. Dialogul şi cooperarea frăţească, mai ales între cele două Mitropolii, sunt cele mai bune căi de a rezolva problemele existente pe plan local şi de a ajuta cele două Patriarhii surori să găsească împreună soluţia trainică cea mai adecvată complexităţii situaţiei din zonă, pentru apărarea şi promovarea Ortodoxiei", se mai arată în comunicatul Patriarhiei Române.
Biserica Ortodoxă Română a decis la sfârsitul lunii octombrie 2007 să reactiveze pe teritoriul Republicii Moldova Episcopia de Bălţi, Episcopia Basarabiei de Sud şi Episcopia Ortodoxă a Dubăsarilor şi a toată Transnistria.
